デフォルトの設定ではPostgreSQLはメモリやCPUをうまいこと使ってくれないため、PGTuneを使って設定を変更すると良いです。
また、Misskey運用におけるPostgreSQLのチューニング - CookieRamenも参考になります。
データベースを動かし続けていると、不要な領域ができていくため、定期的にVacuumを行うことをおすすめします。
Vacuumを行うことで、通知欄の「あなた宛」の表示の遅さを改善できる可能性があります。
データベースのサイズによっては時間がかかる可能性があります。検証環境を作って計測することをおすすめします。
サーバーを動かしながら行う場合は、以下のコマンドを実行します。
不要な領域を再利用可能として扱えるようにします。空き容量は増えません。
VERBOSEをつけることで進捗状況を確認できます。
VACUUM VERBOSE;
また、事前にMisskeyを停止する必要はありますが、不要な領域をOSに返す(空き容量を増やす)場合は以下のコマンドを実行します。
この処理はテーブルをロックします。
VACUUM FULL VERBOSE;